蛋白质分子工程研究团队以黄方教授为组长，利用各种现代生物物理技术（特别是单分子荧光技术）以及分子模拟技术，对蛋白质折叠机理、与疾病以及能源相关的关键蛋白的功能性质、细胞内吞路径、以及纳米粒子的细胞毒性机理等进行研究，在分子水平上揭示生命的基本过程，并为疾病治疗以及新能源的开发提供重要的理论指导。